蓝靛墨菲 - github
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items: 如何生成RDKit JS
items: fix git push error: shallow update not allowed

如何生成RDKit JS
type: item
date: 2020-10-22T09:56:00+08:00
description: 简介RDKit是一款开源化学信息学与机器学习工具包，提供C++和Python的API接口,在Github上看到可以生成RDKitjs版本，所以有了此文。RDKit基于的是BSD授权，允许作者使用该协议下的资源，将其并入私人版本的软件，该软件可使用闭源软件协议发布。注：RDKitjs官方版本已经不维护了，移至https://github.com/rdkit/rdkit/tree/master/Code/MinimalLibRDKitjs版使用了docker技术进行打包，因受限于GFW特色互联网，所以有些指令可能会被Ban，请合理使用互联网，或者跟我一样单步运行命令后，改为可以访问的等效命令问题处理找到github相关的IP地址因在Build Docker的时候，通过https://www.ipaddress.com/搜索下载失败的服务的IP地址，并在build指令后追加--add-host host:ip这样的格式，来解决构建问题修改Dockerfile无效指令因国内更新不了emscript tags，所以将第28-30行的 RUN ./emsdk update-tags && \ ./emsdk install latest && \ ./emsdk activate latest改为： RUN ./emsdk install latest && ./emsdk activate latest操作步骤克隆Github项目git clone https://github.com/rdkit/rdkit.gitcd rdkit生成Docker镜像cd Code/MinimalLib/dockerdocker build --add-host codeload.github.com:192.30.255.121 -t rdkitjs:latest .--add-host codeload.github.com:192.30.255.121 是我过程中检查失败下载的时候追加的host配置，这里根据自己的情况来运行Dockerdocker run -it rdkitjs:latest /bin/bash检查文件运行docker后，cd /src/rdkit/Code/MinimalLib/demo,检查输出物，有文件：demo.htmlRDKit_minimal.jsRDKit_minimal.wasm且不为空就代表成功了exit 退出docker的bash复制Docker文件到宿主机器dock ps 得到容器id，我的是495de44c1710docker cp -a 495de44c1710:/src/rdkit/Code/MinimalLib/demo /root/rdkit_demo/会在/root/rdkit_demo/下复制过来demo文件夹，就是生成的文件了附IP地址查询rdkit官网rdkit githubdocker buildDocker run 命令Centos7 Github clone 加速docker 中怎么拷贝东西到镜像，和拷贝出来Docker修改hosts方法

fix git push error: shallow update not allowed
type: item
date: 2020-04-28T14:14:00+08:00
description: rt:git推送一个github的库到自己的gitlab服务器的时候，提示了错误：shallow update not allowed手动执行强推:git push -u origin master,没有效果。根据提示，初步分析原因，提示的问题应该是浅拷贝，就是我们在git clone的时候，depth设置的太浅，没有全部的历史记录。所以解决办法，应该是从原来的地址，把整个git库都clone一下即可。[...]